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从基因到功能——心理所关于疾病相关非编码区域的研究取得新进展
作者: 心理健康院重点实验室王晶研究组 ║ 日期: 2013/12/17 

  遗传学因素在精神类疾患发生发展过程中的重要性已经得到公认。此外,影像遗传学证据显示,正常心理学现象中的行为/认知加工过程也表现出一定程度的遗传相关性。目前已有大量精神疾患及行为/认知加工相关易感基因鉴定工作发表在心理学主流杂志上,但是这些易感基因的功能分析,尤其是针对非蛋白质编码区域的功能研究有待取得进一步进展。针对这一现状,中国科学院心理健康重点实验室王晶研究组开发了用于分析疾病相关非编码区域基因表达调控功能的分析型数据库《调控型单核苷酸多态性位点数据库》(Regulatory SNP database; rSNPBase)。这一数据库近期已被国际著名的生物学杂志《Nucleic Acids Research》接收并发表。该数据库可以通过http://rsnp.psych.ac.cn免费访问。 

  在该项研究中,王晶研究组依据实验线索,对全基因组范围内的单核苷酸多态性位点进行了四大类型的调控功能分析。这四类调控类型包括:近端转录起始调控,远端转录起始调控,小RNA介导的转录后调控,及RNA结合蛋白介导的转录后调控。rSNPBase数据库对上述分析得到的调控型单核苷酸多态性位点及被这些位点所调控的基因进行了系统性整合并分类展示。在此基础上,数据库进一步提供了调控行为发生的组织环境与发育阶段环境,便于研究者依据自身研究所涉及的特定阶段和组织特性选取信息。此外,数据库对调控型单核苷酸多态性位点之间的连锁不平衡关系也进行了分析并对结果予以展示,研究者可以从此数据库检索到DNA区间的调控属性,而不局限于单一的核苷酸位点。最后,为了给研究者提供更多基因表达层面的研究证据,数据库还整合了单核苷酸多态性位点的表达数量性状属性(eQTL)信息,其所采用的数据分析流程和信息整合模式确保了分析结果的可靠性。 

  rSNPBase数据库将衔接遗传学研究与生物学功能性研究,为临床精神病学家、心理学家及神经生物学家深入挖掘精神疾患及神经心理学现象的深层次生物机制提供有力的工具支持。 

  此项研究得到了中科院知识创新工程项目(KSCX2-EW-J-8)、中国科学院/国家外国专家局创新团队国际合作伙伴计划(Y2CX131003)、中国科学院战略性先导专项(B类)(XDB02030002)、国家自然科学基金(8120104681101545)和中国科学院心理健康重点实验室经费的资助。 

  Guo LY, Du Y, Chang SH, Zhang KL & Wang J* (2013) rSNPBase: a database for curated regulatory SNPs. Nucleic Acids Research.doi:10.1093/nar/gkt1167 

http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/11/26/nar.gkt1167.abstract

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